Учените започне генната експресия атлас
25-ти юни, 2009 год. - Публикувано в сферата на фармацевтичните изследвания | No Comments »Днес изследователите на европейско Биоинформатика институт на Европейския лаборатория по молекулярна биология партия (EMBL-EBI) постави началото на нова база данни, на генната експресия атлас, който позволява на учените да търсят и сравняват данни генната експресия при безпрецедентни подробности и обхват. Наблюдение как генната експресия варира в различни видове клетки, тъкани и при заболяване условия могат да помогнат на изследователите да разберат ген функция и за разработване на нови лекарства и терапии.
Въпреки че повечето клетки в организма имат едни и същи генетична информация, различни видове клетки, например кожата и чернодробни клетки, имат различни свойства и функции, главно поради различни гени са активни в тези клетки. В генната експресия атлас е нова база данни, която позволява на потребителите да намират генната експресия при различни биологични условия, включително различни видове клетки, стадии на развитие, физиологични членки, фенотип и болести членки. Основните въпроси, тази нова база данни може да отговори могат да бъдат обобщени като:
1. при какви условия е моето специално гена на интереси, изразени?
2. които гени са изразени в конкретна състояние? Например, това, което гени са специфично активни в бъбречни клетки, или как изразяването на гените в leukemic кръвта се различават в сравнение с нормално кръвно?
И на двата въпроса може да се комбинират, за да се съсредоточи върху специално гените и тяхната роля в една конкретна болест, като например определяне на членовете на сигнализация път Wnt, които са изразени в рак.
Атласът обобщава данни от над 1000 различни независими проучвания, главно Архив на експерименти, с повече от 30 000 проби общо. Новата база е най-новият продукт на Архив на групата на EBI на информатика и води началото си от ресурса на EBI на ArrayExpress. След една фаза на развитие, Атлас е готов да започне своя живот като независим големи ресурси. Миша Kapushesky, Атлас ръководител на проекта в EBI коментира: "Въпреки че ArrayExpress Архив прави данни от висока производителност функционална геномика тестове на разположение на експерти, генната експресия атлас представя тази информация във формат, достъпен за всеки биолог. Атласът се на данни директно от ArrayExpress архив, който след това се обогатява с curation, отново анотация и статистически изчисления преди резултатите да бъдат представени на потребител в лесно достъпна форма. "
В генната експресия атлас вече е установено използването на фармацевтичната промишленост като ценна платформа за научни изследвания. Ресурсът може да бъде достъпен от http://www.ebi.ac.uk/gxa и информатика Архив на групата са произвели електронно обучение настойнически за насочване на потребителите за това как да извлечете максимума от Atlas. Този настойнически е свободно достъпна на EBI за електронно обучение портал на http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.