Los científicos de lanzamiento de la Expresión Génica Atlas
25 de junio 2009 - Publicado en la Investigación sobre Drogas | No hay comentarios »Hoy en día, los investigadores en el Instituto Europeo de la European Molecular Biology Laboratory de Bioinformática (EMBL-EBI) Poner en marcha una nueva base de datos, la expresión genética de Atlas, que permite a los científicos para buscar y comparar los datos de expresión génica en un detalle sin precedentes y su alcance. Observar cómo la expresión de genes varía en diferentes tipos celulares, tejidos y en condiciones de enfermedad puede ayudar a los investigadores a comprender la función del gen y el desarrollo de nuevos fármacos y terapias.
Aunque la mayoría de las células en un organismo compartir la misma información genética, los diferentes tipos de células, por ejemplo, la piel y las células hepáticas, tienen diferentes propiedades y funciones, sobre todo porque diferentes genes están activos en estas células. La expresión genética de Atlas es una nueva base de datos que permite a los usuarios la expresión de genes en una amplia consulta de las condiciones biológicas, incluyendo diferentes tipos de células, las etapas de desarrollo, estados fisiológicos, fenotipos y estados de la enfermedad. Las preguntas clave esta nueva base de datos puede responder se puede resumir como:
1. en qué condiciones es mi gen de interés en particular expresó?
2. qué genes se expresan en un estado en particular? Por ejemplo, ¿qué genes son específicamente activa en células de riñón, o ¿cómo la expresión de genes en la sangre leucémica difieren de la sangre normal?
Ambas cuestiones también se pueden combinar para centrarse en determinados genes y su papel en una enfermedad específica, como la identificación de los miembros de la vía de señalización Wnt que se expresan en el cáncer.
El Atlas recopila datos de más de 1000 diferentes estudios independientes, sobre todo los experimentos de microarrays, con más de 30.000 muestras en total. La nueva base de datos es el último producto de Microarray de la EBI grupo de Informática y tiene su origen en los recursos de la EBI ArrayExpress. Después de una fase de desarrollo, el Atlas está listo para comenzar su propia vida como un importante recurso independiente. Misha Kapushesky, líder del proyecto Atlas de la EBI, comentó: "Mientras que el archivo hace ArrayExpress datos de alto rendimiento de la genómica funcional ensayos disposición de los expertos, la Expresión Génica Atlas presenta esta información en un formato accesible para cualquier biólogo. El Atlas toma los datos directamente desde el archivo ArrayExpress, que luego se enriquece con la curación, vuelva a anotaciones y cálculos estadísticos de que los resultados se presentan al usuario en una forma fácilmente accesible. "
La expresión genética de Atlas ya ha encontrado uso en la industria farmacéutica como una plataforma de investigación valiosa. El recurso se puede acceder desde http://www.ebi.ac.uk/gxa y el grupo de Microarray de la Informática han producido un e-aprendizaje tutorial para guiar a los usuarios sobre cómo sacar el máximo partido del Atlas. Este tutorial está libremente disponible de la EBI de e-learning en http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.