Les scientifiques lancement Gene Expression Atlas
25 juin 2009 - Posté dans la recherche de drogue | Pas de commentaire »Aujourd'hui, des chercheurs de l'Institut de l'European Molecular Biology Laboratory européen de bioinformatique (EMBL-EBI) de lancer une nouvelle base de données, l'expression génique de l'Atlas, qui permet aux scientifiques de recherche et de comparer les données d'expression génique au détail sans précédent et la portée. Observer comment varie l'expression des gènes dans différents types de cellules, de tissus et dans les conditions des maladies peuvent aider les chercheurs à comprendre la fonction des gènes et de développer de nouveaux médicaments et thérapies.
Bien que la plupart des cellules dans un partage de l'organisme de la même information génétique, différents types de cellules, par exemple pour la peau et des cellules du foie, ont des propriétés et des fonctions différentes, essentiellement parce que différents gènes sont actifs dans ces cellules. L'expression génique Atlas est une nouvelle base de données qui permet aux utilisateurs de l'expression des gènes de requête en vertu d'une gamme de conditions biologiques, y compris les différents types de cellules, les stades de développement, les états physiologiques, les phénotypes et les états pathologiques. Les questions clés de cette nouvelle base de données peut répondre peuvent être résumés comme suit:
1. dans quelles conditions est mon gène particulier de l'intérêt exprimé?
2. quels gènes sont exprimés dans un état particulier? Par exemple, quels gènes sont spécifiquement actifs dans les cellules rénales, ou comment l'expression des gènes dans le sang leucémique diffèrent par rapport au sang normal?
Les deux questions peuvent également être combinées à se concentrer sur des gènes particuliers et leur rôle dans une maladie spécifique, comme l'identification des membres de la voie de signalisation Wnt qui sont exprimés dans le cancer.
L'Atlas rassemble les données de plus de 1000 différentes études indépendantes, des expériences microarray surtout, avec plus de 30.000 échantillons au total. La nouvelle base de données est le dernier produit de l'EBI de biopuces de l'informatique du groupe et a ses origines dans des ressources de la EBI ArrayExpress. Après une phase de développement, l'Atlas est prêt à commencer sa propre vie comme une ressource indépendante majeur. Misha Kapushesky, chef de projet Atlas à l'EBI a commenté, "alors que les archives ArrayExpress fait des données de génomique fonctionnelle à haut débit des tests à la disposition des experts, l'expression génique Atlas présente ces informations dans un format accessible à tout biologiste. L'Atlas prend les données directement à partir des archives ArrayExpress, qui est ensuite enrichi par conservation, ré-annotation et de calculs statistiques avant que les résultats sont présentés à l'utilisateur sous une forme aisément accessible. "
L'expression génique Atlas a déjà trouvé une utilisation dans l'industrie pharmaceutique en tant que plate-forme de recherche précieux. La ressource peut être accessible à partir de http://www.ebi.ac.uk/gxa et le groupe informatique Microarray ont produit un e-learning tutoriel pour guider les utilisateurs sur la façon de tirer le meilleur parti de l'Atlas. Ce tutoriel est disponible gratuitement sur le EBI portail e-learning au http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.