Científicos lanzamento da expresión xénica Atlas
25 de xuño de 2009 - Posted in Drug Research | No Comments »Hoxe, os investigadores a nivel europeo do European Molecular Biology Laboratory do Instituto de bioinformática (EMBL-EBI) lanzar un novo banco de datos, o Atlas da expresión xénica, que permite aos científicos de investigación e comparación de datos de expresión xenica en detalles sen precedentes e alcance. Observando-se como expresión de xene varía en diferentes tipos de células, tecidos e en condicións de enfermidade pode axudar aos investigadores a entender a función dos xenes e para desenvolver novas drogas e terapias.
Aínda que a maioría das células nunha parte do organismo a mesma información xenética, diferentes tipos de células, por exemplo, pel e células do fígado, teñen propiedades e funcións diferentes, sobre todo porque diferentes xenes están activos nestas células. O Gene Expression Atlas é un novo banco de datos que permite aos usuarios a expresión do xene consulta nunha serie de condicións biolóxicas, incluíndo diferentes tipos de células, estadios de desenvolvemento, estados fisiolóxicos, estados e fenotipos da enfermidade. As cuestións clave desta nova base de datos pode resposta pode ser resumida como:
1. en que condicións é o meu xene de interese específico expreso?
2. xenes que son expresados nunha condición particular? Por exemplo, xenes que son especialmente activos en células do ril, ou como é que a expresión de xenes no sangue leucemias difiren en relación ao sangue normal?
Ambas as preguntas poden ser combinados con foco en determinados xenes eo seu papel nunha enfermidade específica, como a identificación de membros da vía de sinalización Wnt que son expresados en cancro.
O Atlas reúne datos de máis de mil diferentes estudos independentes, experimentos de microarray, principalmente, con máis de 30.000 mostras en total. O novo banco de datos é o máis recente produto do Grupo de EBI's Informática microarray e ten as súas orixes no recurso da EBI de ArrayExpress. Despois dunha fase de desenvolvemento, o Atlas está preparado para comezar a súa propia vida como un recurso independente principal. Misha Kapushesky, Atlas líder do proxecto na EBI, comentou: "Mentres o Arquivo ArrayExpress fai os datos de alta taxa de Xenómica funcional ensaios dispoñibles para especialistas, Gene Expression Atlas presenta esta información nun formato accesible para calquera biólogo. O Atlas recibe datos directamente do Arquivo ArrayExpress, que é enriquecen pola curador, re-anotación e cálculos estatísticos antes de os resultados son presentados ao usuario en forma facilmente accesible. "
O Gene Expression Atlas xa atopou a utilización na industria farmacéutica como unha plataforma de busca valiosa. O recurso se pode acceder dende http://www.ebi.ac.uk/gxa e informática microarray grupo produciu un e-learning tutorial para orientar os usuarios sobre a obter o máximo do Atlas. Este tutorial está dispoñible gratuitamente dende a EBI de e-learning no portal http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.