Talk Drug

Wetenschappers lancering Gene Expression Atlas

Vandaag, onderzoekers van het European Molecular Biology Laboratory het Europese Bioinformatica Instituut (EMBL-EBI) start van een nieuwe database, de genexpressie Atlas, die het mogelijk maakt om te zoeken wetenschappers en gen-expressie gegevens te vergelijken met ongekende gedetailleerdheid en de reikwijdte. Observeren hoe genexpressie varieert in verschillende soorten cellen, weefsels en onder voorwaarden kan helpen de ziekte van onderzoekers te begrijpen functie van een gen te ontwikkelen en om nieuwe geneesmiddelen en therapieën.

Hoewel de meeste cellen in een organisme dezelfde genetische informatie, verschillende soorten cellen, bijvoorbeeld huid-en levercellen, hebben verschillende eigenschappen en functies, vooral omdat er verschillende genen actief zijn in deze cellen. De genexpressie Atlas is een nieuwe database die gebruikers toestaat om query genexpressie onder een scala van biologische omstandigheden, met inbegrip van verschillende celtypes, ontwikkelingsstadia, fysiologische, fenotypen en ziektebeelden. De belangrijkste vragen die deze nieuwe database kan antwoord kan als volgt worden samengevat:

1. onder welke voorwaarden is bepaald gen van mijn belangstelling?
2. welke genen worden uitgedrukt in een bepaalde aandoening? Bijvoorbeeld, wat genen die specifiek zijn actief in niercellen, of hoe werkt de expressie van genen in het bloed leukemische verschillen in vergelijking met een normale bloeddruk?

Beide vragen kunnen ook worden gecombineerd om op bepaalde genen en hun rol in een specifieke ziekte, focus zoals het identificeren van leden van de Wnt-signaleringsroute die worden uitgedrukt in kanker.

De Atlas verzamelt gegevens uit meer dan 1000 verschillende onafhankelijke studies, die voornamelijk microarray experimenten, met meer dan 30.000 monsters in totaal. De nieuwe database is het nieuwste product van de EBI's Microarray Informatica-groep en heeft zijn oorsprong in de EBI's ArrayExpress bron. Na een fase van ontwikkeling, de Atlas is klaar om haar eigen leven te beginnen als een onafhankelijke belangrijke hulpbron. Misha Kapushesky, Atlas projectleider bij de EBI commentaar, "Terwijl de ArrayExpress Archief maakt gegevens uit de functionele genomica 'high throughput assays beschikbaar aan deskundigen, genexpressie Atlas presenteert deze informatie in een formaat dat toegankelijk is voor elke bioloog. De Atlas neemt gegevens rechtstreeks uit het ArrayExpress Archief, die vervolgens wordt verrijkt door curation, re-annotatie en statistische berekeningen voordat de resultaten worden gepresenteerd aan de gebruiker in een gemakkelijk toegankelijke vorm. "

De genexpressie Atlas heeft reeds gevonden gebruik in de farmaceutische industrie als een waardevolle research platform. De bron kan worden benaderd vanuit http://www.ebi.ac.uk/gxa Microarray en de informatica-groep hebben een e-learning handleiding voor de gebruikers handleiding over hoe u het meeste uit de Atlas te krijgen. Deze tutorial is vrij beschikbaar via het EBI e-learning portal op http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.