Oamenii de stiinta de lansare Gene Expression Atlas
25.06.2009 - Postat în cercetare de droguri | No Comments »Astazi, cercetatorii de la Laboratorul European de Biologie Moleculară al Institutului European de Bioinformatică (EMBL-EBI) a lansa o bază de date nouă, Gene Expression Atlas, care permite oamenilor de ştiinţă pentru a căuta şi compara datele de expresie genică la detaliu fără precedent şi domeniul de aplicare. Observând cum expresia genelor variază în diferite tipuri de celule, ţesuturi şi în condiţii de boală pot ajuta cercetătorii să înţeleagă funcţia de genetică şi de a dezvolta noi medicamente si terapii.
Deşi cele mai multe celule într-o cotă de organism aceleaşi informaţii genetice, diferite tipuri de celule, de exemplu, piele şi celulele hepatice, au proprietăţi diferite şi funcţii, în mare parte datorită diferite gene sunt active în aceste celule. Gene Expression Atlas este o bază de date nouă care permite utilizatorilor să expresia genelor interogare sub o serie de condiţii biologice, inclusiv diferite tipuri de celule, etapele de dezvoltare, afirmă fiziologice, fenotipurile şi statele bolii. Întrebări-cheie această bază de date noi pot răspunde pot fi rezumate astfel:
1. condiţiile în care este gena meu special de interesul exprimat?
2. gene care sunt exprimate într-o stare special? De exemplu, ce gene sunt în mod special active în celule de rinichi, sau cum expresia genelor în sânge leukemic diferă faţă de sânge normal?
Ambele întrebări pot fi combinate, de asemenea, să se concentreze asupra gene şi rolul lor într-o anumită boală, cum ar fi identificarea membrilor calea de semnalizare Wnt care sunt exprimate în cancer.
Atlas adună date de la peste 1000 de diferite studii independente, în principal experimente microarray, cu mai mult de 30.000 de eşantioane în total. Baza de date noi este cel mai recent produs al EBI lui Microarray grup Informatică şi îşi are originile în resurse EBI lui ArrayExpress. După o fază de dezvoltare, Atlas este gata să înceapă viaţa proprie ca o resursă majoră independente. Misha Kapushesky, Atlas lider de proiect la EBI a comentat, "În timp ce Arhiva ArrayExpress face ca datele de la un debit sporit, genomica functionala teste la dispoziţia experţilor, Gene Expression Atlasul prezintă aceste informaţii într-un format accesibil pentru orice biolog. Atlas ia date direct de la Arhiva ArrayExpress, care este apoi îmbogăţită prin curation, re-adnotare şi calculele statistice înainte ca rezultatele sunt prezentate utilizatorului într-o formă uşor accesibilă. "
Gene Expression Atlas a găsit deja utilizarea în industria farmaceutică ca platformă de cercetare valoroase. Resursa poate fi accesat de http://www.ebi.ac.uk/gxa şi Microarray Informatica grup au produs un e-learning tutorial pentru a ghida utilizatorii despre cum să obţineţi cele mai multe de la Atlas. Acest ghid este disponibil gratuit de la EBI de e-learning la portalul http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.