Vedci začnú génová expresia Atlas
25.června 2009 - Publikované v výskumu liekov | No Comments »Dnes, výskumných pracovníkov na európskej Európske laboratórium molekulárnej biológie na Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) začiatok novej databázy, génovú expresiu atlas, ktorý umožňuje vedcom vyhľadávať a porovnávať dáta génovej expresie v doteraz nevídaných detailoch a rozsahu. Pozorovať, ako génovej expresie sa líši v rôznych bunkových typov, tkanív a za chorôb môžu výskumným pracovníkom pomôcť pochopiť funkcie génov a na vývoj nových liekov a liečebných postupov.
Hoci väčšina buniek v organizme zdieľať rovnakú genetickú informácií, rôznych typov buniek, napr kožu a pečeňové bunky, majú rôzne vlastnosti a funkcie, a to predovšetkým preto, že rôzne gény sú aktívne v týchto bunkách. Génovú expresiu Atlas je novú databázu, ktorá umožňuje používateľom dotazu génovej expresie za rôznych biologických podmienok, vrátane rôznych typov buniek, vývojové štádiá, fyziologické stavy, fenotypov a chorobných stavov. Kľúčové otázky tejto novej databázy možno odpovedať možno zhrnúť nasledovne:
1. za akých podmienok je môj konkrétny gén vyjadrili záujem?
2. , Ktoré gény sú vyjadrené v určitom stave? Napríklad to, čo gény sú špecificky pôsobí v ľadvinových buniek, alebo ako sa expresie génov v leukemických krvi sa líšia v porovnaní s normálnou krv?
Obe otázky je možné tiež kombinovať zamerať sa na konkrétne gény a ich úloha v konkrétnom ochorením, ako je určenie členovia WNT signálne dráhy, ktoré sú vyjadrené vo rakoviny.
Atlas zhromažďuje dáta z viac ako 1000 rôznych nezávislých štúdií, predovšetkým Microarray experimentov, s viac ako 30.000 vzoriek celkom. Novej databázy je najnovší produkt Microarray skupiny EBI je informatika a má svoj pôvod v zdroj EBI je ArrayExpress. Po fáze vývoja, Atlas je pripravený začať svoj vlastný život ako nezávislé hlavný zdroj. Misha Kapushesky, Atlas vedúci projektu v EBI uviedol: "Zatiaľ čo ArrayExpress Archív umožňuje dáta z vysoko výkonné funkčné genomiky testy k dispozícii odborníci, expresie génov Atlas predstavuje táto informácie vo formáte prístupná všetkým biológ. Atlas berie dáta priamo z ArrayExpress archívu, ktorý je potom obohatený o curation, re-anotácie a štatistické výpočty, ako výsledky sú prezentované užívateľovi v ľahko prístupnej forme. "
Génovú expresiu Atlas už našiel využitie vo farmaceutickom priemysle ako cenný výskum platformu. Zdroj je možné pristupovať z http://www.ebi.ac.uk/gxa a Microarray informatiky skupine priniesli e-learning tutorial pre orientáciu užívateľov o tom, ako sa dostať z Atlas. Tento výukový program je voľne k dispozícii od EBI je e-learningový portál na http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.