นักวิทยาศาสตร์เปิด Gene Expression Atlas
มิถุนายน 25, 2009 -- โพสต์ใน งานวิจัยยา | ไม่มีความคิดเห็นวันนี้นักวิจัยที่ European Molecular Biology Laboratory 's European Bioinformatics Institute (EMBL - EBI) เปิดฐานข้อมูลใหม่ที่ Gene Expression Atlas ซึ่งทำให้นักวิทยาศาสตร์สามารถค้นหาและเปรียบเทียบข้อมูลการแสดงออกของยีนที่รายละเอียดประวัติการณ์และขอบเขต วิธีการสังเกตการแสดงออกของยีนแตกต่างกันในเซลล์ชนิดต่างๆเนื้อเยื่อและภายใต้สภาวะโรคสามารถช่วยนักวิจัยเข้าใจหน้าที่ของยีนและการพัฒนาใหม่ ยา และการรักษา
แม้ว่าเซลล์มากที่สุดในชีวิตหุ้นข้อมูลทางพันธุกรรมเดียวกันเซลล์ชนิดต่างๆเช่นผิวและเซลล์ตับมีคุณสมบัติแตกต่างกันและหน้าที่ของยีนที่แตกต่างกันมากเพราะมีการใช้งานในเซลล์เหล่านี้ Gene Expression Atlas เป็นฐานข้อมูลใหม่ทำให้ผู้ใช้สามารถแสดงออกของยีนแบบสอบถามในช่วงของเงื่อนไขทางชีววิทยารวมถึงรูปแบบเซลล์ที่แตกต่างกันระยะการพัฒนาของรัฐร่างกายและรัฐ phenotypes โรค คำถามที่สำคัญนี้ฐานข้อมูลใหม่สามารถตอบสรุปได้ :
1 ภายใต้เงื่อนไขที่เป็นส่วนของยีนที่สนใจแสดง?
2 ซึ่งยีนที่แสดงออกในสภาพใดหรือไม่ ตัวอย่างเช่นสิ่งที่ยีนมีเฉพาะงานในเซลล์ไตหรือว่าจะแสดงออกของยีนในเลือดมะเร็งเม็ดเลือดแตกต่างเมื่อเทียบกับเลือดปกติ?
คำถามทั้งยังสามารถรวมกันเพื่อมุ่งเน้นเฉพาะยีนและบทบาทในโรคที่เฉพาะเจาะจงเช่นระบุสมาชิกของทางเดินสัญญาณ Wnt ที่แสดงออกในมะเร็ง
Atlas collates 1000 ข้อมูลจากการศึกษาอิสระที่แตกต่างกันส่วนใหญ่ทดลอง microarray มีกว่า 30,000 ตัวอย่างทั้งหมด ฐานข้อมูลใหม่เป็นผลิตภัณฑ์ล่าสุดของ EBI ของกลุ่ม microarray สารสนเทศและมีต้นกำเนิดในทรัพยากร ArrayExpress EBI ของ หลังจากขั้นตอนของการพัฒนา, Atlas พร้อมที่จะเริ่มต้นชีวิตของตนเองเป็นทรัพยากรที่สำคัญที่เป็นอิสระ Misha Kapushesky ผู้นำโครงการ Atlas ที่ EBI เห็น"ในขณะที่ ArrayExpress เก็บข้อมูลจาก throughput ทำให้จีโนมสูง functional assays สามารถผู้เชี่ยวชาญ Gene Expression Atlas นำเสนอข้อมูลในรูปแบบเข้าถึงชีววิทยา ๆ นี้ Atlas ใช้ข้อมูลโดยตรงจาก ArrayExpress Archive ซึ่งอุดมแล้วโดย curation, re บันทึกย่อและการคำนวณทางสถิติก่อนที่จะแสดงผลให้กับผู้ใช้แบบเข้าถึงได้อย่างง่ายดาย.
Gene Expression Atlas พบแล้วใช้ในอุตสาหกรรมยาเป็นแพลตฟอร์มการวิจัยที่มีคุณค่า ทรัพยากรสามารถเข้าถึงได้จาก http://www.ebi.ac.uk/gxa และกลุ่ม microarray Informatics ได้ผลิต e - learning กวดวิชาเพื่อให้คำแนะนำผู้ใช้ในการได้รับประโยชน์สูงสุดจาก Atlas tutorial นี้จะอิสระจาก EBI ของ e - learning พอร์ทัลที่ http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/