Вчені запуску атлас експресії генів
25 червня 2009 - Написав в наркотиках досліджень | Коментарів немає »В даний час дослідники в європейських Біоінформатика Європейської лабораторії молекулярної біології в інституті (EMBL-EBI) почати нову базу даних, експресії генів "Атлас", який дозволяє вченим для пошуку та порівняння даних генної експресії в безпрецедентних деталях і області. Спостерігаючи, як експресія генів розрізняється в різних типах клітин, тканин та при хворобі умовах може допомогти вченим зрозуміти функції генів і розробки нових препаратів і методів лікування.
Хоча більшість клітин в організмі одні й ті ж генетичну інформацію, різні типи клітин, наприклад для шкіри і печінки, мають різні властивості і функції, в основному, тому що різні гени активні в цих клітинах. Експресія гена Атлас нову базу даних, яка дозволяє користувачам запитувати експресії генів у цілому ряді біологічних умов, у тому числі різні типи клітин, етапів розвитку, фізіологічного стану, фенотипи і хворобливих станів. Ключові питання цієї нової бази даних можуть відповісти можна резюмувати наступним чином:
1. за жодних умов я специфічного гена проявлена зацікавленість?
2. які гени виражені зокрема стан? Наприклад, які гени зокрема, що діють в клітинах нирки, або яким експресії генів у лейкемічних крові відрізняються в порівнянні з нормальними крові?
Обидва ці питання можна комбінувати зосередити увагу на конкретних генів і їх ролі в конкретних захворювань, таких, як виявлення членів Wnt сигнальні шляхи, які виражаються в рак.
Атлас збирає дані більш ніж 1000 різних незалежних досліджень, в основному експерименти мікрочіпів з більш ніж 30000 зразків в цілому. Нова база даних є останнім продуктом Microarray групи EBI в інформатиці і має свої витоки в ArrayExpress ресурсів в EBI. Після стадії розвитку, Атлас готовий приступити до свого життя як самостійна основних ресурсів. Міша Kapushesky, Atlas керівник проекту на EBI зазначив: "Хоча ArrayExpress Архів робить даних з високою пропускною функціональної геноміки аналізів в розпорядження експертів, експресія гена Атлас представляє цю інформацію у форматі, доступному для будь-якого біолога. Атлас приймає дані безпосередньо з ArrayExpress архів, який потім збагачений ПКН, знову анотації та статистичних розрахунків, перш ніж результати представляються користувачеві у доступній формі. "
Експресія гена Атлас вже знайшли застосування у фармацевтичній промисловості в якості цінного платформи досліджень. Ресурс може бути доступний з http://www.ebi.ac.uk/gxa і група Microarray інформатики дали електронної навчальний посібник для ознайомлення користувачів про те, як отримати максимальну віддачу від "Атлас". Це керівництво перебуває у вільному доступі з EBI електронного навчання порталу http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.