Các nhà khoa học khởi động Gene Expression bản đồ
Hôm nay, nhà nghiên cứu tại Phòng thí nghiệm Sinh học phân tử châu Âu Châu Âu của Viện Tin sinh học (EMBL-EBI) khởi động một cơ sở dữ liệu mới, Gene Expression bản đồ, cho phép các nhà khoa học để tìm kiếm và so sánh dữ liệu biểu hiện gen ở chi tiết chưa từng thấy và phạm vi. Quan sát biểu hiện gen khác nhau như thế nào trong các loại tế bào khác nhau, các mô và trong điều kiện bệnh có thể giúp các nhà nghiên cứu hiểu được chức năng của gen và xây dựng mới các loại thuốc và liệu pháp.
Mặc dù hầu hết các tế bào trong cơ thể cùng chia sẻ thông tin di truyền, các loại tế bào khác nhau, ví dụ như da và các tế bào gan, có các thuộc tính khác nhau và chức năng, chủ yếu là do các gen khác nhau đang hoạt động trong các tế bào. Các biểu hiện gen là một cơ sở dữ liệu bản đồ mới cho phép người dùng truy vấn biểu hiện gen theo một loạt các điều kiện sinh học, bao gồm cả các loại tế bào khác nhau, giai đoạn phát triển, các quốc gia sinh lý, kiểu hình và bệnh tiểu bang. Các vấn đề chính cơ sở dữ liệu này mới có thể trả lời có thể được tóm tắt như:
1. theo đó điều kiện là gen đặc biệt của tôi bày tỏ sự quan tâm?
2. trong đó các gen được thể hiện trong một điều kiện cụ thể không? Ví dụ, những gì là đặc biệt hoạt động gen trong các tế bào thận, hoặc làm thế nào biểu hiện của gen trong máu leukemic khác biệt so với máu bình thường không?
Cả hai câu hỏi cũng có thể được kết hợp để tập trung vào các gen đặc biệt và vai trò của họ trong một căn bệnh cụ thể, như xác định các thành viên của đường tín hiệu Wnt đó được thể hiện trong ung thư.
Atlas Các collates dữ liệu từ hơn 1.000 nghiên cứu độc lập khác nhau, chủ yếu là các thí nghiệm microarray, với hơn 30.000 mẫu trong tổng số. Cơ sở dữ liệu mới là sản phẩm mới nhất của nhóm của EBI thông tin vi và có nguồn gốc từ nguồn ArrayExpress của EBI. Sau một giai đoạn phát triển, bản đồ đã sẵn sàng để bắt đầu cuộc sống riêng của mình như một tài liệu chính độc lập. Misha Kapushesky, bản đồ chỉ đạo dự án tại EBI nhận xét, "Trong khi Lưu trữ ArrayExpress làm cho dữ liệu từ thông lượng cao genomics chức năng khảo nghiệm sẵn có cho các chuyên gia, Gene Expression bản đồ trình bày thông tin này trong một định dạng có thể truy cập tới bất kỳ sinh vật học. Atlas mất dữ liệu trực tiếp từ các Archive ArrayExpress, sau đó làm phong phú bởi curation, cấp lại, chú thích và tính toán thống kê trước khi kết quả được trình bày cho người dùng trong một hình thức dễ dàng truy cập. "
Các biểu hiện gen đã được tìm thấy bản đồ đã sử dụng trong ngành công nghiệp dược phẩm như là một nền tảng nghiên cứu có giá trị. tài nguyên có thể được truy cập từ http://www.ebi.ac.uk/gxa và các nhóm vi mạng tin học đã tạo ra một e-learning hướng dẫn để hướng dẫn người sử dụng về làm thế nào để thu được nhiều nhất từ bản đồ này. Hướng dẫn này là tự do sẵn có từ các EBI của e-learning portal tại http://www.ebi.ac.uk/training/elearningcentral/.
Ngày 25 Tháng 6 2009 04:44 | Nghiên cứu ma túy